二０００年五月二十日我國歷史上出現了首次中央政府層級的政黨輪替，原來的反對黨民進黨取代了國民黨成為新的執政黨，民進黨由於有所謂的「公投台獨黨綱」，執政以後社會各界普遍不看好具有處理兩岸關係的能力，雖然陳總統一再表達務實與善意，社會上總覺得新政府的大陸政策只有「不」和「沒有」，一下子「四不加一個沒有」，一下子「新五不」。批評者更認為李前總統主政時至少還有一個國統綱領，以建立民主、自由、均富的中國作為目標，分近程、中程、遠程三階段來達到這個目標。但新政府的戰略目標又在那裡？
二００八年五月二十日我國再度出現了中央政府層級的政黨輪替，原來的反對黨國民黨取代了民進黨成為新的執政黨，新總統馬英九先生以「不統、不獨、不武」作為大陸政策的基調，這是另一種「新三不」，好像我們的大陸政策只能說消極的說「不」，不敢積極說出心中所「要」。
其實政黨雖然輪替，政府的大陸政策有它的一貫性與變通性。不變的是如何維護我們的國家持續存在與穩定發展，變通的是面對新情勢我們要有一套不同的方法、策略，來達到這項目標。
兩岸關係並非單純取決於臺灣與大陸的互動關係，而是鑲嵌在整個國際架構中，目前的國際權力結構有三大區塊：北美、歐洲與亞洲。北美的代表是美國，歐洲則是歐盟，亞洲則有東南亞國協、中國與日本，雖然如此，整個是由超級強權的美國所主導，因此瞭解兩岸關係必須思考：（一）美國的台海政策、（二）北京的對台政策、（三）臺灣的大陸政策。
第一週 主題：研究方法與授課要求
教材：
1. Dunn, William N., 1994, Public Policy Analysis: An Introduction, Prentice-Hall International, Inc. Ch.1-2.
第二週 主題：政策評估架構簡介
教材：
1. Dunn, William N., 1994, Public Policy Analysis: An Introduction, Prentice-Hall International, Inc. Ch.3-4.
2.Jones, Charles O., 1984, An Introduction to the Study of Public Policy, California: Brooks/Code Publishing Company. Ch. 2.
第三週 主題：美國的台海政策
教材：
1. 林正義，2007，〈戰略模糊、戰略明確或雙重明確：美國預防台海危機的政策辯論〉，《遠景基金會季刊》，8, 1: 1-24。
2. 裘兆琳，2001，〈美國對亞洲的戰略與兩岸關係〉，廖淑馨（編），《美、台、中新世代與兩岸關係》，頁123-140。台北：政大國關中心中文叢書系列132。
3. 鄭端耀，2007，〈美國的兩岸政策演變〉，《兩岸開放二十年回顧與展望》，台北：遠景基金會出版，頁149-182。
第四週 主題：北京的對台政策
教材：
1. 陳明通，2008，〈當前北京對台策略剖析〉，「新形勢下的兩岸關係研討會」，臺北：臺灣大學國家發展研究所主辦，2008.09.23。
2. 張五岳、陳明通(2007)，〈中國對臺策略剖析〉，載：周陽山主編，《中國研究導論》（上），台北：行政院大陸委員會出版，頁569-597。
3. 趙春山， 2007，〈大陸的兩岸政策演變〉，《兩岸開放二十年回顧與展望》，台北：遠景基金會出版，頁183-204。
第五週 主題：李登輝時代大陸政策總論
教材：
1. 鄒景雯， 2001，《李登輝執政告白實錄》，台北：印刻出版有限公司，第四、五卷。
2. 鄒景雯， 2007，〈臺灣各政黨大陸政策演變與影響〉，《兩岸開放二十年回顧與展望》，台北：遠景基金會出版，頁7-34。
第六週 主題：陳水扁政府大陸政策總論
教材：
1. 行政院陸委會，2007，〈政府大陸政策重要文件〉，行政院大陸委員會印製。
2. 陳明通，2008，〈我國大陸政策的檢討與前瞻〉，《堅持「主權、民主、和平、對等」四原則的兩岸關係》，台北：行政院大陸委員會出版，頁11-57。
3. 陳明通等著，2005，《民主化臺灣新國家安全觀》，台北，先覺出版社。
第七週 主題：馬英九政府大陸政策總論
教材：
1. 總統府，2008，〈中華民國第12任總統馬英九先生就職演說〉，《總統府新聞稿》，2008.05.20。
2. 總統府，2008，〈總統接受墨西哥「太陽報」系集團董事長瓦斯蓋茲(Mario Vazquez Rana)專訪〉，《總統府新聞稿》，2008.09.03。
3. 總統府，2009，〈總統接見「2009博鰲亞洲論壇」代表團〉，《總統府新聞稿》，2009.04.15。
4. 總統府，2009，〈總統出席「『戰略暨國際研究